提起细菌，不少人就会联想到肺炎、胆囊炎、脑膜炎等感染性疾病，也会念念不忘那些红肿流脓的伤口，溃烂的皮肤。在他们的眼里，细菌就相当于害人虫。其实，这是片面的。
以肠道这个细菌的大千世界为例，其中对人体有害的细菌如葡萄球菌、产气荚膜杆菌、梭状芽胞菌等在健康人肠道中只属少数派，如1克粪便中，梭状芽胞菌不到100个，远不能致病。有害细菌在人体内之所以不能兴风作浪，是因为它们被更多、更强有力的“好细菌”包围着、监控着。人体内“好细菌”占绝对优势，具有镇摄作用，使二者在质量与数量上维持着一种天然的平衡。这些“好细菌”就是益生菌——我们的朋友，敌人的敌人。
具体来说，益生菌包括：双歧杆菌族(青春双歧杆菌、长双歧杆菌、婴儿双歧杆菌、两歧双歧杆菌);乳酸杆菌族(嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、干酪乳杆菌、发酵乳杆菌、胚芽乳杆菌、短乳杆菌、纤维二糖乳杆菌、乳酸乳杆菌);链球菌族(粪链球菌、嗜热唾液链球菌、乙酸乳酸双链球菌、乳链球菌);其他(明串珠菌属、足球菌属、丙酸杆菌属、芽孢杆菌属)。 通常应用于人体的益生菌为：双歧杆菌、乳酸杆菌、肠球菌、枯草杆菌、蜡样芽胞杆菌、地衣芽孢杆菌、酵母菌等。
而益生菌还有它们的朋友。有一些物质能够针对性刺激一种或几种益生菌的生长、繁殖，本身又不会被人类消化，此类物质称为益生元。如水苏糖可使双歧杆菌繁殖加快数十倍甚至百倍。如将益生菌与益生元混和成制剂，既可发挥益生菌的功能，又使益生菌得到良性刺激，使益生菌数量能持续增加以补充其消耗，因而作用会更显著持久，这种结合称为合生元。
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